[matplotlib] 112. クリックイベントでラベル画像のregionprops情報を表示

はじめに
コード＆解説
参考

はじめに

matplotlibのbutton_press_eventで、skimageのlabelで作成したlabel画像上の各ラベル情報を画像の横に表示する方法について説明する。

コード＆解説

モジュールのインポート

バージョン

画像データの作成

1024 x 1024の2Dデータのランダムな位置に点を作成して、ガウシアンフィルターをかけた画像を用いる。threshold_otsuで大津の2値化を行い、閾値を求めて2値化する。2値化の端に接しているものはclear_borderで除去しておく。

画像を表示

生成した画像は以下のようになる。

ラベリング

skimageのlabelでラベル付けを行う。ラベル像の背景は0となり、画像を表示した時に見にくくなるので、floatに変換してから、0をnp.nanに変換する。ラベル像を表示すると下のようになる。

regionprops_tableでラベルの各種情報をDataFrameで取得

regionprops_tableでラベルの情報を取得する。取得した情報はそのままpandasのDataFrameとすることができ、下のようなTableが得られる。

	label	centroid-0	centroid-1	area	equivalent_diameter	bbox-0	bbox-1	bbox-2	bbox-3
0	1	30.208041	725.370772	1567	44.667285	6	704	54	748
1	2	57.241617	441.379383	5219	81.517097	23	378	91	494
2	3	101.108303	928.963899	1385	41.993294	81	908	123	951
3	4	184.762435	851.028360	9168	108.041937	88	797	292	890
4	5	147.500000	597.000000	3436	66.142657	106	556	190	639
5	6	172.625239	284.097691	12560	126.459040	112	216	238	362
6	7	364.404686	418.897797	53345	260.616507	195	192	536	585
7	8	222.029594	791.613214	1453	43.011825	201	770	244	814
8	9	263.214478	218.805863	3343	65.241396	228	189	299	249
9	10	255.175529	714.618834	1561	44.581688	232	693	280	736
10	11	299.492297	74.433473	1428	42.640193	279	54	321	96
11	12	331.690119	721.232520	9139	107.870924	288	619	387	817
12	13	407.649929	895.445545	1414	42.430658	387	875	429	917
13	14	415.006887	47.923554	1452	42.997021	394	27	438	70
14	15	488.127493	716.581827	12887	128.094645	404	615	564	795
15	16	598.818444	456.352726	24648	177.151936	526	255	684	636
16	17	588.215704	203.824593	3375	65.552906	552	174	626	235
17	18	607.021014	112.094928	1380	41.917426	587	91	629	134
18	19	708.909523	773.184410	16203	143.632518	645	680	789	852
19	20	682.094135	54.043447	1381	41.932610	661	34	704	76
20	21	720.035688	146.964312	1373	41.810978	700	126	742	168
21	22	771.388794	436.854518	11101	118.887477	706	381	841	511
22	23	765.758831	286.270097	3284	64.663117	736	252	797	322
23	24	778.234241	600.765759	1396	42.159725	758	580	800	622
24	25	792.167994	963.973208	1381	41.932610	772	944	814	985
25	26	824.944483	772.348184	1459	43.100539	803	751	847	794
26	27	830.837456	229.233922	1415	42.445659	810	208	853	251
27	28	835.731739	547.392372	1547	44.381320	813	526	861	569
28	29	925.492110	925.536506	12231	124.791798	853	843	991	1007
29	30	890.685933	636.711003	1436	42.759467	870	616	913	659
30	31	896.087719	554.881092	1539	44.266417	872	534	920	577

GridSpecによるFigの作成

GridSpecでFigを作成する。GridSpecについては下記記事で解説した。ax2,ax3,ax4の軸などは非表示としている。

[matplotlib] 10. グラフを作成する様々な方法(subplot, add_subplot, subplots, GridSpec)

matplotlibでひとつのグラフまたは複数グラフを表示する方法について説明する。

ラベル像とテキストを表示する準備

情報を表示する部分には、薄い文字でLabel、Centroid、Areaと表示する。ax1にラベル像を表示し、ax2、ax3、ax4には何も表示しないテキストを配置しておく。

クリックした時の処理

最初にlabel_image_fのnp.nanの部分をクリックした時の処理として、情報を表示するテキストをからにするようにする。

クリックしたラベルの値はlabel_image_f[int(np.rint(event.ydata)),int(np.rint(event.xdata))]で得ることはできるので、このラベル値を使ってregionprops_tableのDataFrameから重心(centroid)と面積(area)の情報を取得する。所得した値はset_textで図上に表示する。

イベントの有効化

fig.canvas.mpl_connect(‘button_press_event’, onclick)でマウスクリックイベントを有効にできる。
コメントアウトしてある部分の処理を実行することで無効となる。

実際に操作した感じは下のようになる。

コードをダウンロード(.pyファイル)

コードをダウンロード(.ipynbファイル)

参考

skimage.measure — skimage 0.26.0rc0.dev0 documentation

https://matplotlib.org/stable/users/event_handling.html

https://amzn.to/3jESIBi