[scikit-image] 94. ラベル付けした画像の特定のラベルイメージのみを表示

はじめに

skimage.measure の label, regionprops_tableで２値画像のラベリングを行い、特定のラベルイメージのみを表示する方法について説明する。

2次元平面にランダムに点を配置し、ガウシアンフィルタをかけることで凹凸のある画像を作成し、それを大津のしきい値(threshold_otsu)で2値化することでバイナリ画像を得ている。ガウシアンフィルタのsigmaを変えることで2値化像の円形構造のサイズを変化させている。

作成した画像を加算し、表示すると以下のようになる。

境界に接している部分はclear_borderで除去できる。図示すると以下のようになる。

labelで2値化像をラベル付けして、それぞれの部分を分けて評価できるようにする。
背景を透明にするために値が0のところをnp.nanとする。
図示すると以下のようになる。

regionprops_tableでラベル画像のそれぞれの領域について、様々な情報を得ることができる。
ここでは、’label’でラベル番号、’centroid’で重心を取得する。
pandasのDataFrameに結果を入れることで見やすい表を得ることができる。

ax.text()で重心の位置にラベル番号を表示する。

label_image_f==3のようにすることで、特定のラベルイメージのみの画像を作成する。