[scikit-image] 1. rgb2hedによるカラーデコンボリューション

はじめに

scikit-imageのrgb2hedによるcolor deconvolutionについて説明する。

LinearSegmentedColormap.from_listで、[色1,色2]と指定することで、色1から色2に均等に遷移するカラーマップが得られる。最初のmycmapは生成するカラーマップのnameとなる。

RGBをHaematoxylin-Eosin-DAB (HED) に変換する。

その他にも、色々な色変換がある。

ImageGridで画像を均等に表示する。図の順番は左上が0,右上が1, 左下が2, 右下が3となる。それぞれに作成したカラーマップを適用して表示した。

ある特定の色の画像のみを抽出して、再表示することができる。

rescale_intensityは、画像のコントラストを変化させるメソッドで、out_rangeで出力する画像の強度のレベルを調整する。

np.dstack()により、2次元の配列を3次元方向に結合する。