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[scikit-image] 49. show_rag (skimage.future graph)で領域隣接グラフ(RAG)の表示

python
2019.09.21

はじめに

skimage.future graphのshow_ragにより、領域隣接グラフを表示する例について説明する。

コード

from skimage import data, segmentation
from skimage.future import graph
from matplotlib import pyplot as plt
from mpl_toolkits.axes_grid1 import ImageGrid
img = plt.imread('zou.jpg')
labels = segmentation.slic(img, compactness=30, n_segments=400)
g = graph.rag_mean_color(img, labels)
fig = plt.figure(figsize=(10, 5))
grid = ImageGrid(fig, 111,
nrows_ncols=(1, 2),
axes_pad=0.3,
share_all=True,
cbar_location="bottom",
cbar_mode="each",
cbar_size="8%",
cbar_pad="2%",
)
grid[0].set_title('RAG drawn with default settings')
lc = graph.show_rag(labels, g, img, ax=grid[0])
grid.cbar_axes[0].colorbar(lc)
grid[1].set_title('RAG drawn with grayscale image and viridis colormap')
lc2 = graph.show_rag(labels, g, img,
img_cmap='gray', edge_cmap='viridis', ax=grid[1])
grid.cbar_axes[1].colorbar(lc2)
#for cax in grid.cbar_axes:
# cax.toggle_label(False)
for gr in grid:
gr.axis('off')
plt.savefig('plot_rag_draw.jpg',dpi=100)
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解説

モジュールのインポート

from skimage import data, segmentation
from skimage.future import graph
from matplotlib import pyplot as plt
from mpl_toolkits.axes_grid1 import ImageGrid
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画像データの読み込み

img = plt.imread('zou.jpg')
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コリファンタ属の象牙丸を用いる。

k平均法によるセグメント化

labels = segmentation.slic(img, compactness=30, n_segments=400)
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segmentation.slic()により、k平均法によるセグメント化を行う。

隣接境界グラフの生成

g = graph.rag_mean_color(img, labels)
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rag_mean_color()で画像とそのセグメント化された情報から、領域隣接グラフ（RAG）を構築する。

領域隣接グラフを表示

Imagegridの設定

fig = plt.figure(figsize=(10, 5))
grid = ImageGrid(fig, 111,
nrows_ncols=(1, 2),
axes_pad=0.3,
share_all=True,
cbar_location="bottom",
cbar_mode="each",
cbar_size="8%",
cbar_pad="2%",
)
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Imagegridを用いて画像を表示する。Imagegridについては下記で解説した。

[matplotlib] 19. mpl_toolkits.axes_grid1 の使い方(画像の表示)
axes_grid1のImageGridを用いて複数の画像を表示する方法
sabopy.com
2019.03.04
[matplotlib] 20. mpl_toolkits.axes_grid1 の使い方(ラベルとカラーバー)
axes_grid1を用いて複数の画像を表示する際のラベルとカラーバーの設定方法
sabopy.com
2019.03.05

default settingsの画像

grid[0].set_title('RAG drawn with default settings')
lc = graph.show_rag(labels, g, img, ax=grid[0])
grid.cbar_axes[0].colorbar(lc)
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imgとRAGが同じような色調で表示される。

画像とRAGのcmapを変えた画像

grid[1].set_title('RAG drawn with grayscale image and viridis colormap')
lc2 = graph.show_rag(labels, g, img,
img_cmap='gray', edge_cmap='viridis', ax=grid[1])
grid.cbar_axes[1].colorbar(lc2)
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グレースケール画像にviridisのRAGを表示した。

コードをダウンロード

参考

Drawing Region Adjacency Graphs (RAGs) — skimage 0.25.2 documentation
scikit-image.org
skimage.segmentation — skimage 0.25.2 documentation
scikit-image.org
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scikit-image.org
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